DTU Studieprojekt - Expanding Metabolic Control Analysis for pathways with promiscuous enzymes

Danmarks Tekniske Universitet (DTU)

Ph.d. & forskning
Storkøbenhavn

Expanding Metabolic Control Analysis for pathways with promiscuous enzymes

Udbyder
Vejleder
Sted
København og omegn
Metabolic Control Analysis (MCA) is particularly useful for metabolic engineering applications, where the goal is typically to optimize the production of a given metabolite. By using MCA one can find which enzymes in a given metabolic pathway have the most control over the pathway’s flux, and thus how to overexpress/underexpress enzyme concentrations in order to increase the flux through the metabolic pathway.

However, when having promiscuous enzymes, i.e. enzymes that catalyze more than one reaction, it is not clear how to apply and interpret MCA results. For instance, when overexpressing enzyme E which catalyzes reactions R1 and R2, how will it impact the two reactions? Thus, the goal of this project is to develop and implement a method to apply MCA to pathways that include promiscuous reactions.
Objectives

  • Extend Metabolic Control Analysis to account for promiscuous enzymes.
  • Interpret the results to suggest strain designs with improved production of a given metabolite.

Prerequisites

  • The candidate should be somewhat familiar with metabolic models: stoichiometric/constraint-based/genome-scale models.
  • The candidate should have programming experience, preferably in Python and/or Matlab.
  • Being familiar with differential equations, kinetic models for metabolism, enzyme kinetics, and/or with metabolic control analysis is a plus.

Emneord

Tags
Kontakt
Virksomhed/organisation
DTU Biosustain

Navn
Marta Matos

Stilling
Postdoc

Mail
mrama@biosustain.dtu.dk

Vejleder-info
Kandidatuddannelsen i Anvendt Kemi
Vejleder
Marta Matos

Type
Kandidatspeciale, Specialkursus

Kandidatuddannelsen i Kvantitativ Biologi og Sygdomsmodellering
Vejleder
Marta Matos

Type
Kandidatspeciale, Specialkursus

Kandidatuddannelsen i Bioinformatik og Systembiologi
Vejleder
Marta Matos

Type
Kandidatspeciale, Specialkursus

Kandidatuddannelsen i Medicin og Teknologi
Vejleder
Marta Matos

Type
Kandidatspeciale, Specialkursus

Kandidatuddannelsen i Bioteknologi
Vejleder
Marta Matos

Type
Kandidatspeciale, Specialkursus

Kandidatuddannelsen i Kemisk og Biokemisk Teknologi
Vejleder
Marta Matos

Type
Kandidatspeciale, Specialkursus

Kandidatuddannelsen i Matematisk Modellering og Computing
Vejleder
Marta Matos

Type
Kandidatspeciale, Specialkursus


Login for at se hele opslaget

Dette jobopslag er kun tilgængeligt for vores brugere. Log ind eller opret en profil - det er gratis og tager kun to minutter.

Log ind med sociale medier


Log ind med din karriereprofil

@


Glemt kode Ny bruger

Løbende ansøgningsfrist

Angiv venligst i din ansøgning, at du har ansøgt opslaget via Studerende Online

Ph.d. & forskning
Storkøbenhavn
IT
Kemi, Biotek & Materialer
Matematik, Fysik & Nano
Medicinal & Sundhed
Naturvidenskab
Produktion, Logistik & Transport
Teknik & Teknologi
Forskning & Udvikling
Naturvidenskab
Teknik



Danmarks Tekniske Universitet (DTU) - hurtigt overblik


Danmarks Tekniske Universitet (DTU)
Danmarks Tekniske Universitet (DTU)
DTU er et teknisk eliteuniversitet med international rækkevidde og standard. Vores mission er at udvikle og nyttiggøre naturvidenskab og teknisk videnskab til gavn for samfundet. 11.200 studerende uddanner sig her til fremtiden, og 6.000 medarbejdere har hver dag fokus på uddannelse, forskning, myndighedsrådgivning og innovation, som bidrager til øget vækst og velfærd.

Placering
Anker Engelunds Vej 1
2800 Kgs. Lyngby
Logo: Danmarks Tekniske Universitet (DTU)
Efterspørgsel efter nye talenter

Hvilke jobtyper og arbejdsområder udbyder vi normalt og hvor mange nye talenter søger vi efter?


Nyeste tweets
Henter tweets...
Facebook feed

Henter facebook feed...

LinkedIn

Følg vores aktiviteter på LinkedIn.


Webside

Få mere info omkring vores virksomhed på vores egne websider:

www.dtu.dk


Danmarks Tekniske Universitet (DTU) i Google

Er der andre informationer om os, som du burde vide? Se, hvad en Google-søgning siger.



https://studerendeonline.dk/job/1249559/
Vi bruger cookies til statistik, sociale medier og brugeroplevelse. Ved at bruge sitet accepterer du vores privatlivspolitik. (luk)
HPT