DTU Studieprojekt - Implementing a kinetic model for yeast glycolysis that distinguishes labeled from non-labeled metabolites

Danmarks Tekniske Universitet (DTU)

Ph.d. & forskning
Storkøbenhavn

Implementing a kinetic model for yeast glycolysis that distinguishes labeled from non-labeled metabolites

Udbyder
Vejleder
Sted
København og omegn
In this project we will combine metabolic kinetic models and experimental data to study glycolysis in Saccharomyces cerevisiae. In particular, we have time-course metabolite concentration profiles for several metabolites in S. cerevisiae’s glycolysis. This data was measured in vivo by hyperpolarized NMR spectroscopy while subjecting the cells to different perturbations. We combine the experimental data with an existing kinetic model of glycolysis in S. cerevisiae to further study the cellular response to the applied perturbations. In particular, by integrating experimental data with a kinetic model we can study how metabolite concentrations that were not measured experimentally change in response to the perturbations.

However, with hyperpolarized NMR spectroscopy we can only measure labeled metabolites, which are just a fraction of the total metabolites in the cell. For instance, when we measure pyruvate using NMR, we measure only the labeled amount of pyruvate, and not the amount of pyruvate that is not labeled. Therefore, in this project, we want to expand an existing kinetic model to account for both the measured labeled metabolites and the unmeasured unlabeled metabolites. By doing this, we expect to be able to better explain the experimental data.
Objectives

  • Expand an existing kinetic model for yeast glycolysis to model both labeled and unlabeled metabolites.
  • Use the resulting model to explain the measured data.

Prerequisites

  • The candidate should be somewhat familiar with metabolic models: stoichiometric/constraint-based/genome-scale models.
  • The candidate should have programming experience, preferably in Python and/or Mathematica.
  • Being familiar with differential equations, kinetic models for metabolism, and/or enzyme kinetics is a plus.

Emneord

Tags
Kontakt
Virksomhed/organisation
DTU Biosustain

Navn
Marta Matos

Stilling
Postdoc

Mail
mrama@biosustain.dtu.dk

Vejleder-info
Kandidatuddannelsen i Anvendt Kemi
Vejleder
Marta Matos

Type
Kandidatspeciale, Specialkursus

Kandidatuddannelsen i Kvantitativ Biologi og Sygdomsmodellering
Vejleder
Marta Matos

Type
Kandidatspeciale, Specialkursus

Kandidatuddannelsen i Bioinformatik og Systembiologi
Vejleder
Marta Matos

Type
Kandidatspeciale, Specialkursus

Kandidatuddannelsen i Medicin og Teknologi
Vejleder
Marta Matos

Type
Kandidatspeciale, Specialkursus

Kandidatuddannelsen i Bioteknologi
Vejleder
Marta Matos

Type
Kandidatspeciale, Specialkursus

Kandidatuddannelsen i Kemisk og Biokemisk Teknologi
Vejleder
Marta Matos

Type
Kandidatspeciale, Specialkursus

Kandidatuddannelsen i Matematisk Modellering og Computing
Vejleder
Marta Matos

Type
Kandidatspeciale, Specialkursus


Login for at se hele opslaget

Dette jobopslag er kun tilgængeligt for vores brugere. Log ind eller opret en profil - det er gratis og tager kun to minutter.

Log ind med sociale medier


Log ind med din karriereprofil

@


Glemt kode Ny bruger

Løbende ansøgningsfrist

Angiv venligst i din ansøgning, at du har ansøgt opslaget via Studerende Online

Ph.d. & forskning
Storkøbenhavn
IT
Kemi, Biotek & Materialer
Matematik, Fysik & Nano
Medicinal & Sundhed
Naturvidenskab
Produktion, Logistik & Transport
Teknik & Teknologi
Forskning & Udvikling
Naturvidenskab
Teknik



Danmarks Tekniske Universitet (DTU) - hurtigt overblik


Danmarks Tekniske Universitet (DTU)
Danmarks Tekniske Universitet (DTU)
DTU er et teknisk eliteuniversitet med international rækkevidde og standard. Vores mission er at udvikle og nyttiggøre naturvidenskab og teknisk videnskab til gavn for samfundet. 11.200 studerende uddanner sig her til fremtiden, og 6.000 medarbejdere har hver dag fokus på uddannelse, forskning, myndighedsrådgivning og innovation, som bidrager til øget vækst og velfærd.

Placering
Anker Engelunds Vej 1
2800 Kgs. Lyngby
Logo: Danmarks Tekniske Universitet (DTU)
Efterspørgsel efter nye talenter

Hvilke jobtyper og arbejdsområder udbyder vi normalt og hvor mange nye talenter søger vi efter?


Nyeste tweets
Henter tweets...
Facebook feed

Henter facebook feed...

LinkedIn

Følg vores aktiviteter på LinkedIn.


Webside

Få mere info omkring vores virksomhed på vores egne websider:

www.dtu.dk


Danmarks Tekniske Universitet (DTU) i Google

Er der andre informationer om os, som du burde vide? Se, hvad en Google-søgning siger.



https://studerendeonline.dk/job/1249560/
Vi bruger cookies til statistik, sociale medier og brugeroplevelse. Ved at bruge sitet accepterer du vores privatlivspolitik. (luk)
HPT