Få opslag som dette inden alle andre

DTU Studieprojekt - Project in Oxford Nanopore Sequencing

Danmarks Tekniske Universitet (DTU)



Project in Oxford Nanopore Sequencing

Udbyder
Vejleder
Sted
København og omegn
The Research Group for Genetic Epidemiology (CGE) is looking for a student to carry out a Bachelor’s project on Oxford Nanopore sequencing (MinION).

Oxford Nanopore Technologies (ONT) sequencing provide a fast way to obtain large amounts of long reads from both RNA and DNA. The technology depends on a single strand of nucleic acid to move through a nanopore on a flow cell; as the strand moves through the nanopore, it partially obstructs the pore, thereby lowering the ionic current through it. Different bases obstructs the pore to different degrees and the measured current can therefore be used to infer the base sequence of the strand.

At CGE, we are looking into using this technology to explore metagenomes from faeces and sewage. However, in pilot experiments we have discovered irregularities in the reads. Specifically, many reads seem to have been artificially fused together, meaning that two strands of DNA are fused into one big continuous read. For metagenomic sampling, where sequencing depth is low due to the large amount of different species in the sample, this is detrimental.

The project aims to elucidate the rate at which these reads occur using synthetic double-stranded DNA (called sequencing spike-ins, or “sequins”) with known sequences. The student will:

Help prepare a library from the sequins and run it on the ONT sequencer

Use basecalling software to convert the data from current to nucleotide sequence

Compare BLAST, a conventional alignment tool, with minimap2, an alignment tool designed to work with the peculiarities of ONT reads (i.e. long read length and relatively high error rate)

Using the alignment tools, find the incident rates of fusions, both between different sequins, and between sense and antisense from the same sequin

Explore the fuse points between reads for potential patterns that could be used to improve quality checks

The bioinformatics portion of the project will be the focus for the student, while the Oxford Nanopore sequencing runs will mainly be carried out by the supervisor. Forudsætninger
The student should be comfortable using command line tools to deal with the large amount of data generated in this project.

Emneord

  • Bioteknologi og biokemi
  • Kemi
  • Matematik
  • Medicin og medicoteknik
  • Enzymer og proteiner
  • Fermentering
  • Gener og genomer
  • Billedanalyse
  • Teknisk kemi
  • Fysiologisk modellering
  • Høreapparater
  • Hospitalsindretning
  • Kunstige organer
  • Medicinske apparater og systemer
  • Nanomedicin
  • Radioaktive lægemidler og isotoper
  • Sundhed og sygdomme
Tags
  • Bioinformatics
  • molecularbiology
  • Nextgenerationsequencing
  • sequencing
Kontakt
Virksomhed/organisation
DTU Fødevareinstituttet

Navn
Saria Otani

Stilling
Postdoc

Mail
saot@food.dtu.dk

Vejleder-info
Bachelor i Medicin og Teknologi
Vejleder
Saria Otani

Medvejledere
Frederik Teudt

ECTS-point
10 - 20

Type
Bachelorprojekt, Fagprojekt, Kursusrelaterede projekter

Bachelor i Bioteknologi
Vejleder
Saria Otani

Medvejledere
Frederik Teudt

ECTS-point
10 - 20

Type
Bachelorprojekt, Fagprojekt, Kursusrelaterede projekter

Bachelor i Kvantitativ Biologi og Sygdomsmodellering
Vejleder
Saria Otani

Medvejledere
Frederik Teudt

ECTS-point
10 - 20

Type
Bachelorprojekt, Fagprojekt, Kursusrelaterede projekter

Opslaget er indhentet automatisk fra virksomhedens jobsider og vises derfor kun som uddrag. Log ind for at se det fulde opslag eller gå videre til opslaget her:

læs opslaget hos Danmarks Tekniske Universitet (DTU)



gem
husk frist
print
send til mig
Ansøgningsfrist: snarest muligt
Geografiske områder


Angiv venligst i din ansøgning, at du har set opslaget i Studerende Online

Ansøg
Opslagstype
Ph.d. & forskning
Studieprojekt/speciale
Geografi
Storkøbenhavn
Uddannelse
Fødevarer & Veterinær
Kemi, Biotek & Materialer
Matematik, Fysik & Nano
Medicinal & Sundhed
Naturvidenskab
Teknik & Teknologi
Arbejdsområde
Forskning & Udvikling
Naturvidenskab
Teknik
Få opslag som dette inden alle andre

Danmarks Tekniske Universitet (DTU) - hurtigt overblik


Danmarks Tekniske Universitet (DTU)
Danmarks Tekniske Universitet (DTU)
DTU er et teknisk eliteuniversitet med international rækkevidde og standard. Vores mission er at udvikle og nyttiggøre naturvidenskab og teknisk videnskab til gavn for samfundet. 11.200 studerende uddanner sig her til fremtiden, og 6.000 medarbejdere har hver dag fokus på uddannelse, forskning, myndighedsrådgivning og innovation, som bidrager til øget vækst og velfærd.

Placering
Anker Engelunds Vej 1
2800 Kgs. Lyngby
Logo: Danmarks Tekniske Universitet (DTU)
Efterspørgsel efter nye talenter

Hvilke jobtyper og arbejdsområder udbyder vi normalt og hvor mange nye talenter søger vi efter?


LinkedIn

Følg vores aktiviteter på LinkedIn.


Webside

Få mere info omkring vores virksomhed på vores egne websider:

www.dtu.dk


Danmarks Tekniske Universitet (DTU) i Google

Er der andre informationer om os, som du burde vide? Se, hvad en Google-søgning siger.




https://studerendeonline.dk/job/1472792/
Karriereprofil i Jobbanken
Opret karriereprofil: Automatiser din jobsøgning med jobagenter, få adgang til nyeste job før andre og bliv synlig for arbejdsgivere med en talentprofil.
nej tak, tag mig til jobopslaget
nej tak, vis ansøgningsinfo

Vi benytter cookies til bedre brugeroplevelse, statistik, sociale medier og markedsføring via tredjepart. Læs vores cookie- og privatlivspolitik her.

accepter

HPT